Las primeras escaramuzas con la Inquisición  se producen en 1678. Las críticas venían especialmente por parte de los jesuitas G. Bell’Uomo y Segneri. Fruto de ellas es la redacción por Molinos de su Defensa de la contemplación, obra redactada hacia 1679-80 pero que ya no verá la luz. Las acusaciones de estos jesuitas fueron incluidas en el Índice de libros prohibidos de 1681. La Guía espiritual fue denunciada por el cardenal D'Estrées, embajador en Roma del rey de Francia Luis XIV  y que había sido su amigo anteriormente. Miguel de Molinos fue apresado junto con algunos de sus discípulos el 18 de julio de 1685, procesado "por inmoralidad y heterodoxia" y condenado en 1587 a reclusión perpetua, a estar permanentemente vestido con un habito penitencial, a recitar el Credo y un tercio del Rosario, y confesarse cuatro veces al año; de la cárcel pasó a un monasterio a cumplir condena. Molinos abjuró de sus errores en la iglesia de Santa María sopra Minerva el 13 de septiembre de 1687 y murió cristianamente nueve años después.

Su localidad le ha erigido un busto en la Plaza de la Iglesia en un recoleto jardín. Sobre un pedestal de mármol se alza la figura en bronce del escritor. Inscrito en relieve, en el pedestal hallamos el siguiente texto: "Es muy propio del sabio obrar mucho y hablar poco. Muniesa a su iustre hijo Miguel de Molinos. 18-5-96"

La autoría de la obra es de J.Carnicero